Dinas Perhubungan Kabupaten/Kota Mojokerto pertama kali dibentuk pada tahun 2003 sebagai unit pelaksana teknis di bawah Sekretariat Daerah untuk menangani urusan lalu lintas dan angkutan jalan. Seiring berkembangnya kebutuhan pengelolaan transportasi, pada tahun 2010 struktur organisasi diperkuat dengan pembentukan bidang pengaturan dan bidang prasarana untuk meningkatkan efektivitas layanan. Berdasarkan Peraturan Daerah Mojokerto Nomor 8 Tahun 2015 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah, Dinas Perhubungan Mojokerto memperoleh susunan organisasi resmi yang mencakup bidang angkutan, lalu lintas, dan sarana prasarana. Terakhir, melalui Peraturan Bupati Mojokerto Nomor 14 Tahun 2021, tugas dan fungsi Dinas diadaptasi kembali untuk menekankan inovasi pelayanan publik, keselamatan transportasi, dan pengembangan sistem transportasi ramah lingkungan hingga saat ini.